Митні органи України при здійсненні ЗЕД у державі виконують наступні функції:

1. Захист економічних інтересів України.
2. Контроль за дотриманням законодавства України про митну справу.
3. Забезпечення виконання обов’язків, які випливають з міжнародних договорів України, стосовно митної справи.
4. Використання засобів митно-тарифного та позатарифного регулювання при переміщенні через митний кордон України (МКУ) товарів та інших предметів.
5. Митне оформлення та оподаткування товарів та інших предметів, що переміщуються через МКУ.
6. Комплексний контроль разом з НБУ за валютними операціями.
7. Здійснення заходів щодо захисту інтересів споживачів товару і додержанням учасниками зовнішньоекономічних відносин державних інтересів на зовнішньому ринку з участю міністерства зв’язку України.
8. Створення сприятливих умов для прискорення товарообігу та товару і пасажиропотоку через МКУ.
9. Боротьба з контрабандою та іншими порушеннями митних правил.
10. Співробітництво з митними та іншими органами закордонних країн, а також з міжнародними організаціями з питань митної справи.
11. Ведення митної статистики.

Головні напрямки митної політики України на сучасному етапі:

1. Удосконалення структури органів державного регулювання митної справи.
2. Порядок застосування спеціальних митних зон та митних режимів на території України.
3. Перелік товарів, експорт та імпорт і транзит яких через територію України забороняється, що визначається Верховною Радою України.
4. Забезпечення здійснення митної політики України відповідно до її законів.
5. Координація діяльності міністерств, державних комітетів та відомств України з питань митної справи.
6. Проведення переговорів та укладання міжнародних договорів з митних питань у випадках, передбачених законами України.
7. Подання на розгляд Верховній Раді України пропозицій, щодо системи митних органів України, яка здійснюється Кабміном України.

Спеціальним уповноваженим органом державного управління в галузі митної справи є Державний митний комітет України (ДМКУ). Він приймає нормативні акти тільки відповідно до митного кодексу та інших законів України. Інші державні і недержавні органи не мають права займатись регулюванням митної справи. Митні органи України становлять єдину систему, яка включає ДМКУ та митниці України. Створення, реорганізація і ліквідація митниць України проводиться ДМКУ.

Митниці розташовуються:

1. На МКУ, що збігається з державним кордоном України.
2. У пунктах, розміщених на МКУ, там де він збігається з межами спеціальних митних зон, а також на території спеціальних митних зон.

Крім цього для забезпечення ефективної діяльності митної системи при ДМКУ можуть створюватись спеціальні організації, щодо здійснення декларування, зберігання та реалізації митних вантажів, забезпечення митними засобами контролю, митні лабораторії, інформаційно-обчислювальні центри, будівельні та господ. організації, установки підготовки та перепідготовки кадрів, консультативно-інформаційні та інші служби.